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终结无效RNAi,shRNA黑科技设计理念再次席卷您的试验田

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-08-15

RNA干扰是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象,是研究基因功能的最佳方法之一。传统RNAi方法是通过体外制备siRNA,经转染试剂将siRNAs转到细胞内,但由于其研究周期短、干扰效率低、无marker标记、有细胞毒性、高通量研究和体内研究受限等原因将逐渐被淘汰,科学工作者们一直在期许一种新的研究工具-shRNA干扰载体。

    冷泉港Gregory Hannon教授团队在研究高效shRNA序列设计上取得了突破性进展,在进行了大量shRNA干扰序列的筛选、效果预测及验证工作的基础上,开发了一套预测shRNA干扰潜能的算法,将其命名为shERWOOD,该算法验证的shRNA序列均可保证较高的干扰效率。


权威算法预测干扰序列有效性

    shERWOOD算法是在对12组各包含25,000个shRNA序列的干扰潜能用sensor assay系统进行高通量同步评估的基础上诞生的。其预测性能较之现有的siRNA预测算法(ie. DSIR)增加了180%,较其他shRNA预测算法的性能提高了126%。Gregory Hannon教授发表的文章中对shERWOOD算法预测文库(transOMIC公司产品)、TRC文库和H-E V3文库的各27,000条shRNA进行了干扰潜能分析,使用shERWOOD算法预测的每一条shRNA干扰效率均在70%以上,干扰效果显著优于其他文库。 

           图1:shERWOOD算法图解



除了专利算法保证序列有效性,还有哪些设计保证高干扰效果呢?


低毒性的UltramiR表达框架

和优化的载体设计

    将shRNA有效序列嫁接在mir-30的双尾结构表达框架下,这种模拟microRNA最初级转录本的shRNA表达模式可使得shRNA序列在内源性microRNA处理途径的最早期进入整个过程,形成更多功能性的干扰RNA,毒性更低。很多文章已揭示该类型的shRNA设计可显著改善由单纯shRNA累计造成的细胞毒性。对传统mir-30双尾结构进行改造,可显著增加shRNA序列被内源性 Drosha 酶识别和处理的效率。

    Greg教授对更高效地运载shRNA的ultramiR进行研究,将shERWOOD算法预测的海肾荧光素酶的Renilla shRNA和小鼠Rpa3 shRNA分别插入到传统mir30架构与ultramiR架构中,然后,分别对其下游形成的成熟shRNA的水平进行测序,发现shRNA-ultramiR形成的下游成熟shRNA显著多于shRNA-mir30的传统表达模式。


?  病毒启动子高效启动 shRNA-ultramir 的表达 

?  嘌呤霉素筛选可获得长期稳定沉默的细胞株

?  turboGFP 标签可通过荧光观测转染效率 

?  多种启动子可选,满足您不同的实验需求


transOMIC提供的RNAi产品

保证100%干扰效果

    与目前市面上主流的两大家RNAi工具生厂商的产品进行对比发现,A品牌的TRC文库的shRNA在不同基因中的干扰潜能是不稳定的,产品并没有很好的均一性;B品牌的GIPZ文库中的shRNA在不同基因中的干扰稳定性也不均一,个别基因甚至都没有高效的shRNA产品;而基于shERWOOD算法预测的shRNA与ultramiR的完美结合可以保证在所有基因中的均一、稳定的干扰潜能。


产品形式包括:



?人、小鼠和部分大鼠的单个基因的干扰产品 

? 人类31个基因家族和通路、1个小鼠基因家族干扰产品套装(提供96孔板形式或混合筛选形式供选择)

? 表观遗传学相关基因家族干扰产品套装(包含人类406个基因或小鼠311个基因) 

? 人类转录因子相关基因家族干扰产品套装 

? transOMIC所有产品均提供序列信息,且可单独购买空载体

基因有限公司作为TransOMIC品牌中国区独家代理商,为您提供最完整的基因功能研究解决方案,除了RNAi系列产品,还包括基因编辑产品线、酵母突变体产品、过表达产品线以及转染试剂等。基因有限公司的宗旨是“专才为专家服务”,有专业团队为各大科研院所提供产品讲座,技术支持,售后维护一条龙服务,赢得客户的一致好评与信任。想要了解更多,请关注以下官方微信“基因快讯”或联系您身边的基因有限公司员工。

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